Comuna Bivolari este situata în partea central estică a Câmpiei Moldovei, în valea Prutului, la o distanță de 45 Km de municipiul Iaşi. Comuna Bivolari ocupă o poziție nord-estică în cuprinsul județului.
Legătura cu orașul Iaşi este asigurată printr-un drum modernizat D.N.24 C, stația C.F.R. cea mai apropiată fiind în Soldana, comuna Andrieșeni, judeţul Iaşi.
Teritoriul comunei ocupa o parte din lunca și terasele Prutului, precum și o parte din interfluviul Jijia-Prut. Este străbătută axial, pe direcția nord-sud, de DN 24 C, modernizat, centrul comunei aflându-se la o distanță de 43 Km de Iaşi și 90 Km de municipiul Botoșani.
Localitatea Bivolari se învecinează la est pe Prut cu Republica Moldova, la nord cu comuna Santa Mare, judeţul Botoșani, la vest cu comunele Andrieșeni și Roșcani și la sud cu comuna Trifești.